شهید باکری در طول فعالیتهای سیاسی خود از طرف سازمان امنیت آذربایجان شرقی (ساواک) تحت کنترل و مراقبت بود. پس از مدتی حمید را برای برقراری ارتباط با سایر مبارزان، به خارج از کشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم برای مبارزین داخل کشور فعال شود. مهدی باکری در دوره سربازی با تبعیت از اعلامیه حضرت امام خمینی(ره) در حالی که در تهران افسر وظیفه بود از پادگان فرار و به صورت مخفیانه زندگی کرد و فعالیتهای گوناگونی را در جهت پیروزی انقلاب اسلامی نیز انجام داد.
بعد از پیروزی انقلاب و به دنبال تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عضویت این نهاد در آمد و در سازماندهی و استحکام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا کرد. پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد. همزمان با خدمت در سپاه، به مدت ۹ ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزنده‌ای را از خود به یادگار گذاشت.
ازدواج شهید مهدی باکری مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود. مهریه همسرش اسلحه کلت او بود. دو روز بعد از عقد به جبهه رفت و پس از دو ماه به شهر برگشت و بنا به مصالح منطقه، با مسئولیت جهاد سازندگی استان، خدمات ارزنده‌ای برای مردم انجام داد.
در مرحله دوم عملیات بیت‌المقدس از ناحیه کمر زخمی شد و با وجود جراحتهایی که داشت در مرحله سوم عملیات، به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بی‌سیم هدایت کند.در عملیات رمضان با سمت فرماندهی تیپ عاشورا به نبرد بی‌امان در داخل خاک عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد، اما با هر نوبت مجروحیت، وی مصممتر از پیش در جبهه‌ها حضور می‌یافت و بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی، هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانه‌روز تلاش می‌کرد.
در عملیات مسلم بن عقیل با فرماندهی او بر لشکر عاشورا و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاک گلگون ایران اسلامی و چند منطقه استراتژیک آزاد شد. باکری در عملیات والفجرمقدماتی و والفجر یک، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشکر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداکار، در انجام تکلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همه‌جانبه‌ای را از خود نشان داد.
در عملیات خیبر زمانی که برادرش حمید، به درجه رفیع شهات نایل آمد، با وجود علاقه خاصی که به او داشت، بدون ابراز اندوه با خانواده‌اش تماس گرفت و چنین گفت: شهادت حمید یکی از الطاف الهی است که شامل حال خانواده ما شده است. و در نامه‌ای خطاب به خانواده‌اش نوشت: من به وصیت و آرزوی حمید که باز کردن راه کربلا می‌باشد همچنان در جبهه‌ها می‌مانم و به خواست و راه شهید ادامه می‌دهم تا اسلام پیروز شود.
نحوه شهادت
بعد از شهادت برادرش حمید و برخی از یارانش، روح در کالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود که به زودی به جمع آنان خواهد پیوست. پانزده روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از آقاعلی‌بن موسی‌الرضا(ع) خواسته بود که خداوند توفیق شهدت را نصیبش نماید. سپس خدمت حضرت امام خمینی(ره) و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست کرد که برای شهادتش دعا کنند.
هنگامی که پیکر مطهرش را از طریق آبهای هورالعظیم انتقال می‌دادند، قایق حامل پیکر وی، مورد هدف آرپی‌جی دشمن قرار گرفت و قطره ناب وجودش به دریا پیوست.
او با حبی عمیق به اهل عصمت و طهارت(ع) و عشقی آتشین به اباعبدالله‌الحسین(ع) و کوله‌باری از تقوی و یک عمر مجاهدت فی سبیل‌الله، از همرزمانش سبقت گرفت و به دیار دوست شتافت و در جنات عدن الهی به نعمات بیکران و غیرقابل احصاء دست یافت.
شهید باکری در مقابل نعمات الهی خود را شرمنده می‌دانست و تنها به لطف و کرم عمیم خداوند تبارک و تعالی امیدوار بود. در وصیتنامه‌اش اشاره کرده است که: چه کنم که تهیدستم، خدایا قبولم کن.
شهید محلاتی از بین تمام خصلت‌های والای شهید به معرف او اشاره می‌کند و در مراسم شهادت ایشان، راز و نیاز عاشقانه وی را با معبود بیان می‌کند و از زبان شهید می گوید: خدایا تو چقدر دوست‌داشتنی و پرستیدنی هستی، هیهات که نفهمیدم. خون باید می‌شدی و در رگهایم جریان می‌یافتی تا همه سلولهایم هم یارب یارب می‌گفت.
این بیان عارفانه بیانگر روح بلند و سرشار از خلوص آن شهید والامقام است که تنها در سایه خودسازی و سیر و سلوک معنوی به آن دست یافته بود.
وصیتنامه سردار شهید مهدی باکری
عزیزانم! اگر شبانه‌روز شکرگزار خدا باشیم که نعمت اسلام و امام را به بما عنایت فرموده، باز هم کم است. آگاه باشیم که صدق نیت و خلوص در عمل، تنها چاره‌ساز ماست. …بدانید اسلام تنها راه نجات و سعادت ماست. همیشه به یاد خدا باشید و فرامین خدا را عمل کنید. پشتیبان و از ته قلب مقلد امام باشید. اهمیت زیاد به دعاها و مجالس یاد اباعبدالله (ع) و شهدا بدهید که راه سعادت و توشه آخرت است. همواره تربیت حسینی و زینبی بیابید و رسالت آنها را رسالت خود بدانید و فرزندان خود را نیز همانگونه تربیت کنید که سربازانی با ایمان و عاشق شهادت و علمدارانی صالح و وارث حضرت ابوالفضل (ع) برای اسلام بار بیایند.
